Aminoácidos no proteogénicos: son aquellos que no se pueden utilizar para la síntesis de proteínas. Podemos distinguir dos clases:

· Aminoácidos que se pueden obtener de las proteínas, pero que no se pueden volver a utilizar para la síntesis de las mismas, y

· Aminoácidos que nunca forman parte de las proteínas.

Al primer caso pertenecen aquellos aminoácidos que son producto de la transformación de los aminoácidos proteogénicos una vez que estos se han incorporado a las proteínas. Como hemos dicho, las proteínas solamente utilizan para su síntesis a los aminoácidos proteogénicos, pero las proteínas, al igual que les sucede a otras macromoléculas (ADN o ARN), sufren diversas transformaciones para ser convertidas en las formas funcionales. Entre esas transformaciones están las modificaciones de algunos aminoácidos proteogénicos.

Por citar algunos ejemplos, dentro de este grupo de aminoácidos modificados nos encontramos la hidroxiprolina y la hidroxilisina del colágeno, que son productos de la hidroxilación de la prolina y la lisina, respectivamente. El carboxiglutamato, producto de carboxilación del glutamato, se encuentra presente en algunos factores de coagulación.